Are и is это не что иное,как глагол to be,который переводится,как быть,являться,находиться.
I'am a doctor - я являюсь доктором
i'am in Moscow - я в москве
И он не требует вспомогательного глагола do,для вопросительной и отрицательной формы
Are you a doctor?
Is he in Moscow?
Так же еще существуют фразеологические глаголы,которые употребляются с глаголом to be,как связка. To be occupied -быть занятым,to be busy -быть занятым и т.д.
Причем речь тут идет только о present simple(простом настоящем)
Остальным глаголам,кроме модальных требуется вспомогательный глагол Do для формирования отрицания (don't) и вопроса
Do you go to the theatre - ты ходишь в театр?
No,I dont usualy go to the theatre i prefer to stay at home
Если не знаешь,нужно ли употребить to be или нужен do,ставишь русское предложение в прошедшую форму
Я врач ------>Я был врач
Этот был и есть to be,который в русском языке в настоящем времени опускается.
Я занят ----->я был занят
i was occupied
Ваш вариант are you run into the room неправильный.В примерах сверху велась речь и простом настоящем,а тут нужен континиус(продолжительное) Are you running into the room. В present continous Глаголa do вообще нет,он стоится только при помощи to be + Verb(ing)