Question

つくえ は ここに あります。
つくえ が ここに あります。

Какой вариант правильный? 

Заранее спасибо.

Answer 1

つくえは　ここに　あります。

ここに　つくえが　あります。

В данном случае все зависит от порядка слов в предложении, вынося стол на перед мы еще раз акцентируем тему предложения. Во втором случае это просто констатация. Подлежащее и сказуемое.

Answer 2

Тема は／が неоднократно изложена, и не только в иностранных (с точки зрения японцев) учебных пособиях, но и в японском языке японскими же исследователями. Из русского, ссылающего на данные работы (авторы, к примеру, Kuno Sumusu, Shibatani Masayoshi и др.), могу посоветовать учебник "Теоретическая грамматика японского языка", авторы В. М. Алпатов, П. М. Аркадьев и В. И. Подлесская.

Итак, головным образом выделяют:
* тематическое は (оформляет тему (топик) — то, что уже известно)
* контрастивное は (ここはないが、あそこはあるはずだ [тут и так понятно]）
* описательное が (雨が降り出した [в качестве чего-то нового (ремы) выдвигается всё высказывание, а не только подлежащее])
* исчерпывающее が (君がバカだよ [явно выражает подлежащее, являющее ответом на вопрос, например])

Ну и ここに может быть где угодно. Вообще в позиции членов предложения в японском языке только одно строгое правило: заключающий предикат должен быть в конце предложения. Да и то есть понятие инверсии... но с точки зрения грамматики это, скорее, две разных предикации.
Но не стоит забывать, что от перестановки может образоваться альтернативный смысл, более напрашивающийся после перестановки (что нередко бывает при перестанвоке плавающих квантификаторов).